La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Synthèse de Recherche. Contrat n°1406C0050. Projet de recherche coordonné par : "Observatoire des sols vivants"

Théodore Bouchez (1) , Anne Laure Blieux (2) , Samuel S. Dequiedt (3) , Isabelle Domaizon (4) , Alexis Dufresne (5, 6) , Stéphanie Ferreira (7) , Jean-Jacques Godon (8) , Jennifer Hellal (9) , Catherine Joulian (9) , Achim Quaiser (5, 6) , Fabrice Martin-Laurent (3) , Aourell Mauffret (9) , Jean Marie Monier (10) , Pierre Peyret (11, 12) , Philippe Schmitt-Koplin (13) , Olivier Sibourg (10) , Elisabeth D’oiron Verame (14) , Antonio Bispo (15) , Isabelle Deportes (16) , Cécile Grand (16) , Philippe Cuny (17, 18) , Pierre-Alain Maron (3) , Lionel Ranjard (3)

1 UR HBAN - Hydrosystèmes et Bioprocédés
2 Welience AgroEnvironnement
3 Agroécologie [Dijon]
4 CARRTEL - Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques
5 ECOBIO - Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes]
6 CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique
7 Genoscreen
8 LBE - Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne]
9 BRGM - Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM)
10 ENOVEO
11 CIDAM - Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament
12 CRBV
13 Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health
14 Observatoire Français des Sols Vivants
15 InfoSol - InfoSol
16 ADEME - Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie
17 OSU PYTHEAS - Institut Pythéas
18 OCEAMED

L'étude a pour objectif de décrire les différentes techniques relevant de la microbiologie moléculaire en termes d'état d'avancement, de limites techniques et de sensibilité pour étudier l'abondance, la diversité, l'activité et les potentialités fonctionnelles des communautés microbiennes indigènes de diverses matrices environnementales (eau, sol, air, substrats déchets). On trouve dans l'étude neuf fiches de présentation des méthodes, puis vingt-neuf fiches d'application sur les milieux/substrats eau, sol, air et déchets. Des indicateurs de microbiologie moléculaire permettant un diagnostic environnemental ont été recherchés. Une trentaine d'entreprise qui les propose en routine sont données dans le rapport. Ces indicateurs microbiens sont opérationnels pour des prestations de diagnostic de la qualité de différentes matrices environnementales par différents types d'opérateurs (agriculteurs, industriels, gestionnaires de déchets, aménageurs du territoire)

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Théodore Bouchez, Anne Laure Blieux, Samuel S. Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, et al.. La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Synthèse de Recherche. Contrat n°1406C0050. Projet de recherche coordonné par : "Observatoire des sols vivants". ADEME Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie, 34 p., 2016. ⟨hal-01608851⟩