PHENODYNDB : the information system associated with the phenotyping plateform PHENODYN
PHENODYNDB : le système d'information associé à la plateforme de phénotypage à haut débit PHENODYN
Résumé
La plateforme de phénotypage à haut débit PHENODYN est un dispositif expérimental opérationnel depuis plusieurs années (Sadok et al. 2007). Il a été développé par l'UMR LEPSE pour analyser la variabilité génétique des réponses de la croissance et la transpiration des plantes aux conditions environnementales. Initialement testé sur des feuilles de maïs, il a ensuite été adapté ensuite à la caractérisation de la réponse d’autres organes (soies, rameaux) et d’autres espèces (riz, pommier, vigne) Ce dispositif permet de mesurer sur des pas de temps courts (15 minutes) la vitesse d’élongation d’organe (feuilles, soies, ...) et la vitesse de transpiration de 420 plantes, parallèlement au suivi automatisé des conditions environnementales (températures d'organes, état hydrique du sol et de l'air, éclairement). Trente expériences ont eu lieu à ce débit depuis 7 ans. Une expérimentation standard comprend environ 400 000 points de donnée, et de 4 à 5 expérimentations sont menées chaque année. Ces données se présentent sous la forme de cinétiques bruitées, qui nécessitent un travail d'analyse permettant d'extraire des données caractérisant chacun des génotypes étudiés. Cette plateforme a donc nécessité la mise en place d'un outil de stockage, de validation et d'extraction des données, PHENODYNDB adapté à ces grands volumes d’information. La finalité du système d'information PHENOPDYNDB est de stocker de manière organisée les données des expérimentations réalisées sur la plateforme PHENODYN et de fournir une interface de consultation. Il permet : • d'assurer le suivi en temps réel des mesures, afin d'identifier rapidement d'éventuels dysfonctionnements de capteurs pour réparation immédiates; et de guider les choix expérimentaux • d'extraire les données et d'annoter leur qualité; • d’éditer (visualiser) des résumés de conditions environnementales ressenties par les plantes et leur réponse; • de réaliser des méta-analyses de cinétiques de croissance et de transpiration afin d'identifier les caractéristiques intrinsèques des génotypes analysés (typiquement 120) dans plusieurs scénarios environnementaux.