Le programme scientifique du laboratoire s'inscrit dans une gestion intégrée et durable des écosystèmes marins côtiers et estuariens, en particulier grâce à l’étude de leurs perturbations, principalement d’origine anthropiques.

Une meilleure connaissance de la biodiversité et du fonctionnement de ces écosystèmes permet d’identifier des organismes en vue de produire des métabolites à haute valeur ajoutée pour l’industrie et la santé humaine.