The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. - Université Pierre et Marie Curie Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Science Année : 2006

The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus.

Erica Sodergren , George M Weinstock , Eric H Davidson , R Andrew Cameron (1) , Richard A Gibbs , Robert C Angerer , Lynne M Angerer , Maria Ina Arnone , David R Burgess (2) , Robert D Burke , James A Coffman , Michael Dean , Maurice R Elphick , Charles A Ettensohn , Kathy R Foltz , Amro Hamdoun , Richard O Hynes (3, 4) , William H Klein (5) , William Marzluff , David R Mcclay , Robert L Morris (6) , Arcady Mushegian , Jonathan P Rast , L Courtney Smith (7, 8, 9) , Michael C Thorndyke , Victor D Vacquier , Gary M Wessel , Greg Wray , Lan Zhang (10) , Christine G Elsik (11) , Olga Ermolaeva , Wratko Hlavina , Gretchen Hofmann , Paul Kitts , Melissa J Landrum , Aaron J Mackey , Donna Maglott , Georgia Panopoulou , Albert J Poustka , Kim Pruitt , Victor Sapojnikov , Xingzhi Song (12, 13) , Alexandre Souvorov , Victor Solovyev (14) , Zheng Wei , Charles A Whittaker (15) , Kim Worley , K James Durbin , Yufeng Shen (16, 17, 18) , Olivier Fedrigo , David Garfield , Ralph Haygood , Alexander Primus , Rahul Satija , Tonya Severson , Manuel L Gonzalez-Garay , Andrew R Jackson (19) , Aleksandar Milosavljevic , Mark Tong (20) , Christopher E Killian , Brian T Livingston , Fred H Wilt , Nikki Adams (21, 22) , Robert Bellé (23) , Seth Carbonneau , Rocky Cheung (24) , Patrick Cormier (23) , Bertrand Cosson (23) , Jenifer Croce , Antonio Fernandez-Guerra , Anne-Marie Genevière , Manisha Goel (25) , Hemant Kelkar , Julia Morales (23) , Odile Mulner-Lorillon (23) , Anthony J Robertson (26, 27, 28) , Jared V Goldstone , Bryan Cole , David Epel , Bert Gold , Mark E Hahn , Meredith Howard-Ashby , Mark Scally (29) , John J Stegeman , Erin L Allgood , Jonah Cool , Kyle M Judkins , Shawn S Mccafferty , Ashlan M Musante , Robert A Obar , Amanda P Rawson , Blair J Rossetti , Ian R Gibbons , Matthew P Hoffman (30) , Andrew Leone (31) , Sorin Istrail , Stefan C Materna , Manoj P Samanta , Viktor Stolc , Waraporn Tongprasit , Qiang Tu (32) , Karl-Frederik Bergeron , Bruce P Brandhorst , James Whittle , Kevin Berney , David J Bottjer , Cristina Calestani , Kevin Peterson (33) , Elly Chow , Qiu Autumn Yuan (34) , Eran Elhaik , Dan Graur , Justin T Reese (11) , Ian Bosdet , Shin Heesun , Marco A Marra , Jacqueline Schein , Michele K Anderson , Virginia Brockton , Katherine M Buckley , Avis H Cohen (35, 36) , Sebastian D Fugmann , Taku Hibino , Mariano Loza-Coll , Audrey J Majeske , Cynthia Messier , Sham V Nair (37) , Zeev Pancer , David P Terwilliger , Cavit Agca , Enrique Arboleda , Nansheng Chen (38) , Allison M Churcher , F. Hallböök , Glen W Humphrey , Mohammed M Idris (39) , Takae Kiyama , Shuguang Liang , Dan Mellott , Xiuqian Mu , Greg Murray , Robert P Olinski , Florian Raible (40) , Matthew Rowe , John S Taylor (41, 42, 43) , Kristin Tessmar-Raible , D. Wang (44, 45, 46) , Karen H Wilson , Shunsuke Yaguchi , Terry Gaasterland , Blanca E Galindo (47) , Herath J Gunaratne , Celina Juliano , Masashi Kinukawa , Gary W Moy , Anna T Neill , Mamoru Nomura (48) , Michael Raisch , Anna Reade , Michelle M Roux , Jia L Song (49) , Yi-Hsien Su (50, 51, 52) , Ian K Townley , Ekaterina Voronina , Julian L Wong (53, 54) , Gabriele Amore , Margherita Branno , Euan R Brown , Vincenzo Cavalieri , Véronique Duboc , Louise Duloquin (55, 56) , Constantin Flytzanis (57) , Christian Gache , François Lapraz , Thierry Lepage (58) , Annamaria Locascio , Pedro Martinez (59, 60, 61) , Giorgio Matassi (62) , Valeria Matranga , Ryan Range , Francesca Rizzo (63) , Eric Röttinger , Wendy Beane , Cynthia Bradham , Christine Byrum , Tom Glenn , Sofia Hussain , Gerard Manning , Esther Miranda (64) , Rebecca Thomason , Katherine Walton , Athula Wikramanayke , Shu-Yu Wu (65, 66, 67) , Ronghui Xu , C Titus Brown (68, 69, 70) , Lili Chen (71, 72) , Rachel F Gray , Pei Yun Lee (73, 74) , Jongmin Nam (75) , Paola Oliveri , Joel Smith (76, 77, 78) , Donna Muzny , Stephanie Bell (79, 80) , Joseph Chacko , Andrew Cree , Stacey Curry , Clay Davis (77, 81) , Huyen Dinh , Shannon Dugan-Rocha , Jerry Fowler , Rachel Gill , Cerrissa Hamilton , Judith Hernandez (82) , Sandra Hines , Jennifer Hume , Laronda Jackson , Angela Jolivet , Christie Kovar , Sandra Lee (83, 84, 85) , Lora Lewis (86, 87) , George Miner , Margaret Morgan , Lynne V Nazareth , Geoffrey Okwuonu , David Parker (19, 88) , Ling-Ling Pu , Rachel Thorn , Rita Wright (89, 90)
1 Department of Physiology and Biophysics
2 AU - Astronomy Unit [London]
3 Urban and Industrial Air Quality Group
4 CSIRO Energy Technology - Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation Energy Technology
5 Department of Biochemistry and Molecular Biology [Houston]
6 Department of Biology [Norton]
7 MI - Mathematical Institute [Oxford]
8 CATS - Centre for the Analysis of Time Series
9 Jefferson Lab - Thomas Jefferson National Accelerator Facility
10 LEMTA - Laboratoire Énergies et Mécanique Théorique et Appliquée
11 LEGS - Laboratoire Evolution, Génomes et Spéciation
12 Department of Geology
13 ECE - Department of Electrical and Computer Engineering [Portland]
14 Saint-Gobain Crystals [USA]
15 IAH - Institute for Animal Health
16 Center for Agricultural Resources Research
17 Ipsen - Ipsen Inc. [Milford]
18 Department of Physics [Berkeley]
19 ICAS - Institute for Climate and Atmospheric Science [Leeds]
20 CAU - Chung-Ang University
21 ACE-CRC - Antarctic Climate and Ecosystems Cooperative Research Centre
22 AER - Institute of Aerodynamics and Fluid Mechanics
23 MS - Mer et santé
24 Imperial College London
25 Radio and Atmospheric Sciences Division
26 IRI - International Research Institute for Climate and Society
27 Soils Group
28 Department of Haematology
29 School of Biology and Biochemistry
30 PCU - Leslie Hill Institute for Plant Conservation
31 IMM - Istituto per la Microelettronica e Microsistemi [Catania]
32 LAUM - Laboratoire d'Acoustique de l'Université du Mans
33 ISL - Interactive Systems Labs
34 DICP - Dalian Institute of Chemical Physics
35 ALCHEMY - Architectures, Languages and Compilers to Harness the End of Moore Years
36 CATF - Clean Air Task Force
37 Space Physics Laboratory
38 CERAG - Centre d'études et de recherches appliquées à la gestion
39 Department of Microbiology and Immunology
40 EMBL - European Molecular Biology Laboratory [Heidelberg]
41 Department of Biostatistics
42 Radonc - Department of Radiation Oncology [Michigan]
43 Department of Physics and Astronomy [Leicester]
44 IBISC - Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes
45 IMK - Institute for Meteorology and Climate Research
46 Physics Department [UNB]
47 LPL - Laboratoire Parole et Langage
48 ISCR - Institut des Sciences Chimiques de Rennes
49 SIE - School of Information Engineering [USTB]
50 LASP - Laboratory for Atmospheric and Space Physics [Boulder]
51 Department of Applied Mathematics [Sheffield]
52 SoMaS - School of Mathematics and Statistics [Sheffield]
53 LML - Laboratoire de Mécanique de Lille - FRE 3723
54 CSD - Computer Science Department [UCLA]
55 DE - Développement et évolution
56 LBDV - Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur mer
57 LPA - Laboratoire Pierre Aigrain
58 Department of Mathematics and Statistics [Montréal]
59 Departamento de Botánica [Bariloche]
60 BECP - Bioénergétique Cellulaire et Pathologique
61 EPOC - Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques
62 IJM (UMR_7592) - Institut Jacques Monod
63 LNS - Laboratori Nazionali del Sud
64 UAB - Departament de Matemàtiques [Barcelona]
65 Max-Planck-Institut für Kohlenforschung (Coal Research)
66 IOCAS - CAS Institute of Oceanology
67 NCTU - National Chiao Tung University
68 HWR - Department of Hydrology and Water Resources
69 Centre for Educational Technology
70 Environment Department [York]
71 SKL-NPT - State Key Laboratory of Nuclear Physics and Technology
72 Department of Physics and Astronomy [Iowa City]
73 ARC - NASA Ames Research Center
74 Department of Materials
75 DICORA - Digital Language & Knowledge Contents Research Association
76 Department of Physics [Coventry]
77 RAL Space - Space Science and Technology Department [Didcot]
78 IBCP - Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon]
79 HMNAO - H M Nautical Almanac Office [RAL]
80 United Kingdom Met Office [Exeter]
81 UCL - University College of London [London]
82 Department of Pathology and Laboratory Medicine [UCLA]
83 SEES - School of Earth and Environmental Sciences [Seoul]
84 Department of Chemistry
85 MMC - MicroMachines Centre
86 RQMP - Regroupement Québécois sur les Matériaux de Pointe
87 Département de Physique [Montréal]
88 SEE - School of Earth and Environment [Leeds]
89 CEH - Centre for Ecology and Hydrology
90 NIVA - Norwegian Institute for Water Research
Erica Sodergren
  • Fonction : Auteur
George M Weinstock
  • Fonction : Auteur
Eric H Davidson
  • Fonction : Auteur
Richard A Gibbs
  • Fonction : Auteur
Robert C Angerer
  • Fonction : Auteur
Lynne M Angerer
  • Fonction : Auteur
Maria Ina Arnone
  • Fonction : Auteur
Robert D Burke
  • Fonction : Auteur
James A Coffman
  • Fonction : Auteur
Michael Dean
  • Fonction : Auteur
Maurice R Elphick
  • Fonction : Auteur
Charles A Ettensohn
  • Fonction : Auteur
Kathy R Foltz
  • Fonction : Auteur
Amro Hamdoun
  • Fonction : Auteur
William Marzluff
  • Fonction : Auteur
David R Mcclay
  • Fonction : Auteur
Arcady Mushegian
  • Fonction : Auteur
Jonathan P Rast
  • Fonction : Auteur
Michael C Thorndyke
  • Fonction : Auteur
Victor D Vacquier
  • Fonction : Auteur
Gary M Wessel
  • Fonction : Auteur
Greg Wray
  • Fonction : Auteur
Olga Ermolaeva
  • Fonction : Auteur
Wratko Hlavina
  • Fonction : Auteur
Gretchen Hofmann
  • Fonction : Auteur
Paul Kitts
  • Fonction : Auteur
Melissa J Landrum
  • Fonction : Auteur
Aaron J Mackey
  • Fonction : Auteur
Donna Maglott
  • Fonction : Auteur
Georgia Panopoulou
  • Fonction : Auteur
Albert J Poustka
  • Fonction : Auteur
Kim Pruitt
  • Fonction : Auteur
Victor Sapojnikov
  • Fonction : Auteur
Alexandre Souvorov
  • Fonction : Auteur
Zheng Wei
  • Fonction : Auteur
Kim Worley
  • Fonction : Auteur
K James Durbin
  • Fonction : Auteur
Olivier Fedrigo
  • Fonction : Auteur
David Garfield
  • Fonction : Auteur
Ralph Haygood
  • Fonction : Auteur
Alexander Primus
  • Fonction : Auteur
Rahul Satija
Tonya Severson
  • Fonction : Auteur
Manuel L Gonzalez-Garay
  • Fonction : Auteur
Aleksandar Milosavljevic
  • Fonction : Auteur
Mark Tong
  • Fonction : Auteur
Christopher E Killian
  • Fonction : Auteur
Brian T Livingston
  • Fonction : Auteur
Fred H Wilt
  • Fonction : Auteur
Robert Bellé
  • Fonction : Auteur
Seth Carbonneau
  • Fonction : Auteur
Patrick Cormier
  • Fonction : Auteur
Bertrand Cosson
Jenifer Croce
Antonio Fernandez-Guerra
  • Fonction : Auteur
Anne-Marie Genevière
Hemant Kelkar
  • Fonction : Auteur
Julia Morales
Jared V Goldstone
  • Fonction : Auteur
Bryan Cole
  • Fonction : Auteur
David Epel
  • Fonction : Auteur
Bert Gold
  • Fonction : Auteur
Mark E Hahn
  • Fonction : Auteur
Meredith Howard-Ashby
  • Fonction : Auteur
John J Stegeman
  • Fonction : Auteur
Erin L Allgood
  • Fonction : Auteur
Jonah Cool
  • Fonction : Auteur
Kyle M Judkins
  • Fonction : Auteur
Shawn S Mccafferty
  • Fonction : Auteur
Ashlan M Musante
  • Fonction : Auteur
Robert A Obar
  • Fonction : Auteur
Amanda P Rawson
  • Fonction : Auteur
Blair J Rossetti
  • Fonction : Auteur
Ian R Gibbons
  • Fonction : Auteur
Sorin Istrail
  • Fonction : Auteur
Stefan C Materna
  • Fonction : Auteur
Manoj P Samanta
  • Fonction : Auteur
Viktor Stolc
  • Fonction : Auteur
Waraporn Tongprasit
  • Fonction : Auteur
Karl-Frederik Bergeron
  • Fonction : Auteur
Bruce P Brandhorst
  • Fonction : Auteur
James Whittle
  • Fonction : Auteur
Kevin Berney
  • Fonction : Auteur
David J Bottjer
  • Fonction : Auteur
Cristina Calestani
  • Fonction : Auteur
Elly Chow
  • Fonction : Auteur
Eran Elhaik
  • Fonction : Auteur
Dan Graur
  • Fonction : Auteur
Ian Bosdet
  • Fonction : Auteur
Shin Heesun
  • Fonction : Auteur
Marco A Marra
  • Fonction : Auteur
Jacqueline Schein
  • Fonction : Auteur
Michele K Anderson
  • Fonction : Auteur
Virginia Brockton
  • Fonction : Auteur
Katherine M Buckley
  • Fonction : Auteur
Sebastian D Fugmann
  • Fonction : Auteur
Taku Hibino
  • Fonction : Auteur
Mariano Loza-Coll
  • Fonction : Auteur
Audrey J Majeske
  • Fonction : Auteur
Cynthia Messier
  • Fonction : Auteur
Zeev Pancer
  • Fonction : Auteur
David P Terwilliger
  • Fonction : Auteur
Cavit Agca
  • Fonction : Auteur
Enrique Arboleda
  • Fonction : Auteur
Allison M Churcher
  • Fonction : Auteur
F. Hallböök
  • Fonction : Auteur
Glen W Humphrey
  • Fonction : Auteur
Takae Kiyama
  • Fonction : Auteur
Shuguang Liang
  • Fonction : Auteur
Dan Mellott
  • Fonction : Auteur
Xiuqian Mu
  • Fonction : Auteur
Greg Murray
Robert P Olinski
  • Fonction : Auteur
Matthew Rowe
  • Fonction : Auteur
Kristin Tessmar-Raible
Karen H Wilson
  • Fonction : Auteur
Shunsuke Yaguchi
  • Fonction : Auteur
Terry Gaasterland
  • Fonction : Auteur
Herath J Gunaratne
  • Fonction : Auteur
Celina Juliano
  • Fonction : Auteur
Masashi Kinukawa
  • Fonction : Auteur
Gary W Moy
  • Fonction : Auteur
Anna T Neill
  • Fonction : Auteur
Michael Raisch
  • Fonction : Auteur
Anna Reade
  • Fonction : Auteur
Michelle M Roux
  • Fonction : Auteur
Ian K Townley
  • Fonction : Auteur
Ekaterina Voronina
  • Fonction : Auteur
Gabriele Amore
  • Fonction : Auteur
Margherita Branno
  • Fonction : Auteur
Euan R Brown
  • Fonction : Auteur
Vincenzo Cavalieri
  • Fonction : Auteur
Véronique Duboc
  • Fonction : Auteur
Christian Gache
  • Fonction : Auteur
François Lapraz
  • Fonction : Auteur
Annamaria Locascio
  • Fonction : Auteur
Valeria Matranga
  • Fonction : Auteur
Ryan Range
Eric Röttinger
Wendy Beane
  • Fonction : Auteur
Cynthia Bradham
  • Fonction : Auteur
Christine Byrum
  • Fonction : Auteur
Tom Glenn
  • Fonction : Auteur
Sofia Hussain
  • Fonction : Auteur
Gerard Manning
  • Fonction : Auteur
Rebecca Thomason
  • Fonction : Auteur
Katherine Walton
  • Fonction : Auteur
Athula Wikramanayke
  • Fonction : Auteur
Ronghui Xu
  • Fonction : Auteur
Rachel F Gray
  • Fonction : Auteur
Paola Oliveri
  • Fonction : Auteur
Donna Muzny
  • Fonction : Auteur
Joseph Chacko
  • Fonction : Auteur
Andrew Cree
  • Fonction : Auteur
Stacey Curry
  • Fonction : Auteur
Huyen Dinh
  • Fonction : Auteur
Shannon Dugan-Rocha
  • Fonction : Auteur
Jerry Fowler
  • Fonction : Auteur
Rachel Gill
  • Fonction : Auteur
Cerrissa Hamilton
  • Fonction : Auteur
Sandra Hines
  • Fonction : Auteur
Jennifer Hume
  • Fonction : Auteur
Laronda Jackson
  • Fonction : Auteur
Angela Jolivet
  • Fonction : Auteur
Christie Kovar
  • Fonction : Auteur
George Miner
  • Fonction : Auteur
Margaret Morgan
  • Fonction : Auteur
Lynne V Nazareth
  • Fonction : Auteur
Geoffrey Okwuonu
  • Fonction : Auteur
Ling-Ling Pu
  • Fonction : Auteur
Rachel Thorn
  • Fonction : Auteur

Résumé

We report the sequence and analysis of the 814-megabase genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus, a model for developmental and systems biology. The sequencing strategy combined whole-genome shotgun and bacterial artificial chromosome (BAC) sequences. This use of BAC clones, aided by a pooling strategy, overcame difficulties associated with high heterozygosity of the genome. The genome encodes about 23,300 genes, including many previously thought to be vertebrate innovations or known only outside the deuterostomes. This echinoderm genome provides an evolutionary outgroup for the chordates and yields insights into the evolution of deuterostomes.

Dates et versions

hal-00358487 , version 1 (03-02-2009)

Identifiants

Citer

Erica Sodergren, George M Weinstock, Eric H Davidson, R Andrew Cameron, Richard A Gibbs, et al.. The genome of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus.. Science, 2006, 314 (5801), pp.941-52. ⟨10.1126/science.1133609⟩. ⟨hal-00358487⟩
5048 Consultations
0 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More