La bioinformatique avec Biopython

Olivier Dameron (1) , Gregory Farrant (2)

1 Dyliss - Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences
2 SBR - Station biologique de Roscoff [Roscoff]

Pour faire face aux défis de la biologie, la bioinformatique propose des modules qui permettent de rendre accessibles des fonctions basiques et avancées d'analyse de données. Les données traitées sont en général des séquences d'ADN qu'il s'agira d'identifier, d'aligner et d'analyser grâce à la littérature scientifique. Les formats les plus utilisés en bioanalyse, comme les formats fasta et genbank demeurent par certains aspects difficiles à manipuler. Nous vous proposons un didacticiel qui introduira les fonctions de Biopython, un module Python dédié à la manipulation de données biologiques dans le cadre de l'analyse complète d'une séquence d'ADN.

Mots clés: Biopython; Python; Bioinformatique

Domaines: Bio-informatique [q-bio.QM]; Base de données [cs.DB]; Bibliothèque électronique [cs.DL]

Olivier Dameron, Gregory Farrant. La bioinformatique avec Biopython. GNU/Linux Magazine, 2014, pp.13. ⟨hal-01095475⟩