Détermination des principaux facteurs régulant la structure eubacterienne dans le lac du Bourget (haute-savoie, france)
Résumé
L’étude de la structure bactérienne dans les écosystèmes aquatiques est un élément clé dans la compréhension de l’implication de ce compartiment hétérotrophe dans la dynamique des grands cycles biogéochimiques. Depuis plus de 10 ans et grâce au développement des techniques de biologie moléculaire, de nombreuses études sur l’évolution temporelle de la structure des communautés bactériennes ont été menées dans les systèmes lacustres. Les résultats obtenus ont révélé des tendances contrastées. En effet, certaines études (Van Der Gucht et al. 2001, Yannarell et al. 2003, Shade et al. 2007, Tijdens et al. 2008, Lymer et al. 2008) ont montré une évolution saisonnière marquée au cours du temps, alors que dans le cas d’autres études, un changement graduel de la structure bactérienne a été plutôt mis en évidence (Lindström 1998, Lindström 2000, Boucher et al. 2005). A notre connaissance, toutefois, il n’existe qu’une seule étude (Boucher et al. 2005) ayant réalisé un suivi temporel sur plus d’une année, en considérant à la fois deux profondeurs différentes. Au cours de cette étude, nous avons donc réalisé un suivi mensuel de la structure de la communauté bactérienne dans le plus grand lac naturel français (le lac du Bourget) pendant deux années consécutives (2007-2008) et à deux profondeurs différentes correspondant respectivement à l’épilimnion (2 m) et au proche hypolimnion (50 m). La structure bactérienne a été analysée par PCR-DGGE en ciblant l'ADNr 16S. Nos résultats montrent que les changements saisonniers de la structure de cette communauté suivent non seulement des dynamiques différentes à 2 m et 50 m mais également qu’ils ne sont pas identiques d’une année à l’autre, à une profondeur donnée. Les modifications structurelles de la communauté bactérienne présentent une variabilité temporelle allant de 2 à 8 mois en surface et de 3 à 13 mois à 50 m. L’analyse multivariée (analyse canonique des correspondances) réalisée afin de déterminer les principaux facteurs abiotiques (température, nutriments, oxygène et Chl a) et biotiques (flagellés, ciliés et virus) susceptibles d’expliquer les grands changements de structure observés au sein de la communauté bactérienne révèle que ces différents 51 paramètres expliquent plus de 60% de la variance aux deux profondeurs et que les nutriments (NO3, NH4 et PO4) sont responsables de 39.9% et 46.2% de la variance observée à 2 m et à 50 m respectivement. Comparativement, lyse virale et broutage par les flagellés semblent n’expliquer qu’une faible variance.