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Journal articles
Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues
Denis Faure
1
Patricia Bonin
2, 3
Robert Duran
4
Pierre Amato
5
Florence Arsene-Ploetze
6
Jean-Christophe Auguet
Bernard Legrand
Philippe Bertin
Yvan Bettarel
7
Aurélie Bigot-Clivot
Nicolas Blot
Manuel Blouin
8
Myriam Bormans
9
Marc Bouvy
O Bruneel
Aurélie Cébron
Urania Christaki
Ivan Couée
9
Cristiana Cravo-Laureau
4
Michael Danger
Julien de Lorgeril
Yves Desdevises
Yves Dessaux
D Destoumieux-Garzón
Élodie Duprat
Gaël Erauso
Feth El Zahar Haichar
10
Éric Fouilland
Andre-Jean Francez
9
Nathalie Fromin
Alain Geffard
Jean-François Ghiglione
Arnaud Huguet
Vincent Grossi
11
Katell Guizien
12
Ludwig Jardillier
Pascal Jouquet
Fabien Joux
Aurore Kaisermann
Oliver Kaltz
Jean-Christophe Lata
Antoine Lecerf
Corinne Leyval
Patricia Luis
10
Estelle Masseret
Audrey Niboyet
13, 14
Philippe Normand
10
Frédéric Plewniak
Franck Poly
10
Soizic Prado
Achim Quaiser
9
Pascal Ratet
Agnès Richaume
10
Jean-Luc Rolland
Jean-Luc Rols
Jf Rontani
Francesca Rossi
Sophie Sablé
15
P Sivadon
Philippe Soudant
16
Christian Tamburini
Aline Tribollet
17
Claire Valiente Moro
France van Wambeke
Philippe Vandenkoornhuyse
2
Stéphane Vuilleumier
6
Philippe Vandenkoornhuyse
9
4
IPREM - Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux
17
BTP - Biogéochimie-Traceurs-Paléoclimat
LOCEAN - Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques
Denis Faure 1
Author IdHAL : denis-faure ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5379-8867
Patricia Bonin 2, 3
Author IdHAL : patricia-bonin ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/AAA-4462-2021 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4194-7343
Robert Duran 4
Author IdHAL : robert-duran ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2351-8553
Pierre Amato 5
Author IdHAL : pierre-amato ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3168-0398
Florence Arsene-Ploetze 6
Author
Jean-Christophe Auguet
Author IdHAL : jean-christophe-auguet ORCID : https://orcid.org/0000-0003-4340-7161
Bernard Legrand
Author
Philippe N. Bertin
Author
Yvan Bettarel 7
Author
Aurélie Bigot-Clivot
Author
Nicolas Blot
Author
Manuel Blouin 8
Author Employer institution : AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement IdHAL : manuel-blouin ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3928-9070
Myriam Bormans 9
Author IdHAL : myriam-bormans ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4755-6327
Marc Bouvy
Author
O Bruneel
Author IdHAL : odile-bruneel ORCID : https://orcid.org/0000-0001-8012-0245
Aurélie Cébron
Author IdHAL : aurelie-cebron ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6961-1705
Urania Christaki
Author
Ivan Couée 9
Author
Cristiana Cravo-Laureau 4
Author IdHAL : cristiana-cravo-laureau ORCID : https://orcid.org/0000-0003-2011-813X
Michael Danger
Author IdHAL : michael-danger
Julien de Lorgeril
Author
Yves Desdevises
Author
Yves Dessaux
Author
D Destoumieux-Garzón
Author IdHAL : ddestoum ORCID : https://orcid.org/0000-0002-8793-9138
Élodie Duprat
Author
Gaël Erauso
Author IdHAL : gael-erauso ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6418-7714
Feth El Zahar Haichar 10
Author IdHAL : feth-el-zahar-haichar ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3687-0529
Éric Fouilland
Author IdHAL : eric-fouilland ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/R-1415-2017 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9633-8847
Andre-Jean Francez 9
Author
Nathalie Fromin
Author
Alain Geffard
Author IdHAL : alain-geffard ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9236-2890
Jean-François Ghiglione
Author
Arnaud Huguet
Author IdHAL : arnaud-huguet ORCID : https://orcid.org/0000-0002-6124-2922
Vincent Grossi 11
Author
Katell Guizien 12
Author IdHAL : katell-guizien ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9884-7506
Ludwig Jardillier
Author
Pascal Jouquet
Author
Fabien Joux
Author
Aurore Kaisermann
Author
Oliver Kaltz
Author IdHAL : oliver-kaltz
Jean-Christophe Lata
Author
Antoine Lecerf
Author
Corinne Leyval
Author
Patricia Luis 10
Author IdHAL : patricia-luis ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7002-6212
Estelle Masseret
Author
Audrey Niboyet 13, 14
Author IdHAL : audrey-niboyet ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3355-706X
Philippe Normand 10
Author IdHAL : philippe-normand ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2139-2141
Frédéric Plewniak
Author
Franck Poly 10
Author
Soizic Prado
Author
Achim Quaiser 9
Author
Pascal Ratet
Author IdHAL : pascal-ratet ORCID : https://orcid.org/0000-0002-8621-1495
Agnès Richaume 10
Author
Jean-Luc Rolland
Author
Jean-Luc Rols
Author
Jf Rontani
Author IdHAL : jean-francois-rontani
Francesca Rossi
Author
Sophie Sablé 15
Author
P Sivadon
Author IdHAL : pierre-sivadon ORCID : https://orcid.org/0000-0002-7004-9163
Philippe Soudant 16
Author IdHAL : philippe-soudant IdRef : https://www.idref.fr/154697419 ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3090-5612
Christian Tamburini
Author IdHAL : christiantamburini ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/I-7821-2012 ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3752-7423
Aline Tribollet 17
Author
Claire Valiente Moro
Author
France van Wambeke
Author IdHAL : france-van-wambeke ORCID : https://orcid.org/0000-0003-0025-5911
Philippe Vandenkoornhuyse 2
Author
Stéphane Vuilleumier 6
Author IdHAL : vuilleumier ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/S-2647-2012 ORCID : https://orcid.org/0000-0003-2232-7023
Philippe Vandenkoornhuyse 9
Author
1
I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (Bâtiment 21, 1 avenue de la Terrasse, 91198 Gif/Yvette cedex - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DRF/I2BC (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- Université Paris-Saclay (Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 9198 (France)
2
MIO - Institut méditerranéen d'océanologie (M.I.O. Institut Méditerranéen d'Océanologie
Bâtiment Méditerranée
163 Avenue de Luminy
13288 Marseille - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR_D235 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UM110 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers : UMR7294 (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7294 (France)
- UTLN - Université de Toulon : UMR7294 (Avenue de l'Université - BP 20132 - 83957 La Garde Cedex - France)
3
UTLN - Université de Toulon (Avenue de l'Université - BP 20132 - 83957 La Garde Cedex - France)
4
IPREM - Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (UNIVERSITE DE PAU ET DES PAYS DE L'ADOUR, Hélioparc Pau Pyrénées, 2 avenue du Président Angot, 64053 PAU CEDEX 9 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5254 (France)
- INC - Institut de Chimie du CNRS (3 Rue Michel-Ange 75 016 Paris - France)
- UPPA - Université de Pau et des Pays de l'Adour (Avenue de l'Université - BP 576 - 64012 Pau Cedex - France)
5
ICCF - Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (Campus universitaire des Cézeaux, TSA 60026 - CS 60026, 24 avenue Blaise Pascal, 63178 Aubière - France)
- SIGMA Clermont - SIGMA Clermont (SIGMA Clermont / Campus des Cézeaux / CS 20265 / 63178 Aubière Cedex - France)
- INC - Institut de Chimie du CNRS (3 Rue Michel-Ange 75 016 Paris - France)
- UCA [2017-2020] - Université Clermont Auvergne [2017-2020] : UMR6296 (49, bd François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6296 (France)
6
GMGM - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (28 Rue Goethe 67083 STRASBOURG CEDEX - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7156 (France)
- UNISTRA - Université de Strasbourg (4 rue Blaise Pascal - CS 90032 - 67081 Strasbourg cedex - France)
7
Ecosym - Ecologie des systèmes marins côtiers (UNITE de RECHERCHE UMR 5119 CC093 Bâtiment 24 UNIVERSITE MONTPELLIER 2 Place Eugène Bataillon 34095 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- IFREMER - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (France)
- UM1 - Université Montpellier 1 (5, boulevard Henri IV - CS 19044 - 34967 Montpellier cedex - France)
- UM2 - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques : 5119 (Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier cedex 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5119 (France)
8
Agroécologie [Dijon] (Université de Bourgogne - 17 rue Sully - BP 86510 - 21000 Dijon - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1347 (France)
- UB - Université de Bourgogne (Maison de l'université - Esplanade Érasme - BP 27877 - 21078 Dijon cedex - France)
- AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement : UMR1347 (26 Boulevard du Dr Petitjean - BP 87999 - 21079 Dijon cedex - France)
9
ECOBIO - Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (Bâtiment 14 - Université de Rennes 1 - Campus de Beaulieu - CS 74205 - 35042 Rennes Cedex - France - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- INEE - Institut Ecologie et Environnement (3 rue Michel-Ange, 75794, Paris cedex 16, France - France)
- OSUR - Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (263 avenue du Général Leclerc - 35042 Rennes cedex - France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UAR3343 / UMS3343 (France)
- UR2 - Université de Rennes 2 (Place du recteur Henri Le Moal - CS 24307 - 35043 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6553 (France)
10
LEM - Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (BAT GREGOR MENDEL (ex 741)-4 et 43 Bvd du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1418 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5557 (France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- ENVL - Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (France)
11
LGL-TPE - Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] (2, rue Raphaël Dubois
69622 Villeurbanne Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5276 (France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
12
LECOB - Laboratoire d'Ecogéochimie des environnements benthiques (France)
- OOB - Observatoire océanologique de Banyuls (LABORATOIRE ARAGO BP 44 66651 BANYULS SUR MER CEDEX - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMS2348 (France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FRE3350 (France)
13
AgroParisTech (16 rue Claude Bernard F-75231 Paris Cedex 05 - France)
14
iEES Paris - Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (Sorbonne-Université, campus de Jussieu - Bât A - Paris (75005) - INRAE - Versailles (78) - IRD - Bondy (93) - UPEC - Créteil (94)
- France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR242 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- SU - Sorbonne Université : UMR113 (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France)
- UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 : UMR7618 (61 avenue du Général de Gaulle - 94010 Créteil cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7618 (France)
- INRAE - Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement : UMR1392 (France)
15
LIENSs - LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266 (Bâtiment Marie Curie Avenue Michel Crépeau 17 042 La Rochelle cx1 - Bâtiment ILE 2, rue Olympe de Gouges 17 000 La Rochelle - France)
- ULR - La Rochelle Université (Technoforum - 23 avenue Albert Einstein - BP 33060 - 17031 La Rochelle - France - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMRi7266 (France)
16
LEMAR - Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (IUEM Technopôle Brest-Iroise - rue Dumont d'Urville - 29280 Plouzané - FRANCE - France)
- IFREMER - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer : LEMAR (France)
- IUEM - Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM Technopôle Brest-Iroise - rue Dumont d'Urville - 29280 Plouzané - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers : UMS3113 (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- UBO - Université de Brest (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UAR3113 / UMS3113 (France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR195 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- UBO - Université de Brest : UMR6539 (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6539 (France)
17
BTP - Biogéochimie-Traceurs-Paléoclimat (France)
- LOCEAN - Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (4 place Jussieu - case 100 - 75252 PARIS CEDEX 05 ; Institut de Recherche pour le Développement Centre de recherche d'Ile-de-France - 32, avenue Henri Varagnat - 93143 Bondy Cedex
- France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7159 (France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 : UM71 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- MNHN - Muséum national d'Histoire naturelle : USM402 (57, rue Cuvier - 75231 Paris Cedex 05 - France)
- IPSL (FR_636) - Institut Pierre-Simon-Laplace (4 Place Jussieu 75252 PARIS CEDEX 05 - France)
- ENS-PSL - École normale supérieure - Paris (45, Rue d'Ulm - 75230 Paris cedex 05 - France)
- PSL - Université Paris sciences et lettres (60 rue Mazarine 75006 Paris - France)
- UVSQ - Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (55 avenue de Paris - 78035 Versailles cedex - France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7 : FR_636 (5 rue Thomas-Mann - 75205 Paris cedex 13 - France)
- X - École polytechnique (École polytechnique, 91128 Palaiseau Cedex - France)
- CNES - Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (18 avenue Edouard Belin 31401 Toulouse - France)
- SU - Sorbonne Université (21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : FR_636 (France)
- ENS-PSL - École normale supérieure - Paris (45, Rue d'Ulm - 75230 Paris cedex 05 - France)
Abstract : Microbes are phylogenetically (Archaea, Bacteria, Eukarya, and viruses) and functionally diverse. They colonize highly varied environments and rapidly respond to and evolve as a response to local and global environmental changes, including those induced by pollutants resulting from human activities. This review exemplifies the Microbial Ecology EC2CO consortium’s efforts to explore the biology, ecology, diversity, and roles of microbes in aquatic and continental ecosystems.
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Journal articles
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01247096
Contributor : Viviane Biou Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, January 15, 2021 - 11:46:55 AM
Last modification on : Friday, May 20, 2022 - 9:06:21 AM
Long-term archiving on: : Friday, April 16, 2021 - 6:26:29 PM
Contributor : Viviane Biou Connect in order to contact the contributor
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Last modification on : Friday, May 20, 2022 - 9:06:21 AM
Long-term archiving on: : Friday, April 16, 2021 - 6:26:29 PM
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Faure-EC2CO-2015-EnvironSciPol...
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Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Identifiers
- HAL Id : hal-01247096, version 1
- PRODINRA : 451873
- DOI : 10.1007/s11356-015-5164-5
- PUBMED : 26310700
- IRD : fdi:010065579
- WOS : 000360844200002
Collections
UNIV-PAU | CNRS | MNHN | OSUR | IPREM | ICC | AGROPOLIS | PRES_CLERMONT | INC-CNRS | AGROPARISTECH | UDL | ECOBIO | UR1-UFR-SVE | UNIV-RENNES1 | INRA | UPEC-UPEM | UPMC | LOCEAN | UNIV-RENNES | UNIV-AMU | UNIV-TLN | MIO | OSU-INSTITUT-PYTHEAS | INSU | SORBONNE-UNIVERSITE | SU-SCIENCES | UNIV-LYON1 | ENS-LYON | UPEC | UNIV-MONTPELLIER | IHPE | IPREM-CME | UNIV-BREST | IUEM | LEMAR | LGL-TPE | BIOENVIS | INRAE | SITE-ALSACE | UP-SCIENCES | CEA | CEA-UPSAY | JOLIOT | I2BC | CEA-DRF | UNIV-PARIS-SACLAY | MIO-CEM | LECOB | UMS-2348 | MIO-MEB | MIO-CYBELE | ECOMIC | UR1-ENV | AGROSUP-AE | AGROSUP-DIJON | ACL-SVSAE | IRD | SU-TI | UNIV-BOURGOGNE | PSL | X | FR-636 | UNIV-PARIS7 | UVSQ | UNIV-PARIS | GS-ENGINEERING | GS-BIOSPHERA | IEES | INSTITUT-SCIENCES-LUMIERE | GS-HEALTH-DRUG-SCIENCES | AGROECOLOGIE | CLERMONT-AUVERGNE-INP | UR2-HB | UNIV-RENNES2 | UNIV-ROCHELLE
Citation
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, et al.. Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues. Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩. ⟨hal-01247096⟩
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