Analysis of immune-related loci identifies 48 new susceptibility variants for multiple sclerosis - Université Pierre et Marie Curie Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2013

Analysis of immune-related loci identifies 48 new susceptibility variants for multiple sclerosis

Ashley Beecham , Nikolaos Patsopoulos , Dionysia Xifara , Mary Davis , Anu Kemppinen , Chris Cotsapas , Tejas Shah , Chris Spencer , David J Booth (1) , An Goris (2) , Annette Oturai , Janna Saarela (3) , Bertrand Fontaine (4) , Bernhard Hemmer , Claes Martin , Frauke Zipp , Sandra d'Alfonso , Filippo Martinelli-Boneschi , Bruce Taylor , Hanne Flinstad Harbo (5) , Ingrid Kockum , Jan Hillert , Tomas Olsson , Maria Ban , Jorge R Oksenberg , Rogier Hintzen , Lisa Barcellos , Cristina Agliardi , Lars Alfredsson , Mehdi Alizadeh , Carl Anderson (6) , Robert Andrews , Helle Bach Søndergaard , Amie Baker , Gavin Band (7) , Sergio E Baranzini , Nadia Barizzone , Jeffrey Barrett (8) , Céline Bellenguez (9) , Laura Bergamaschi (10) , Luisa Bernardinelli , Achim Berthele , Viola Biberacher , Thomas Binder , Hannah Blackburn , Izaura Bomfim , Paola Brambilla , Simon Broadley , Bruno Brochet (11) , Lou Brundin (12) , Dorothea Buck , Helmut Butzkueven , Stacy J Caillier , William Camu (13) , Wassila Carpentier (14, 15) , Paola Cavalla , Elisabeth Celius , Irène Coman , Giancarlo Comi , Lucia Corrado , Leentje Cosemans , Isabelle Cournu-Rebeix (4) , Bruce Cree , Daniele Cusi , Vincent Damotte (16) , Gilles Defer (17) , Silvia Delgado , Panos Deloukas (8) , Alessia Di Sapio , Alexander T Dilthey (7) , Peter Donnelly (18) , Bénédicte Dubois (2) , Martin Duddy , Sarah Edkins , Irina Elovaara , Federica Esposito , Nikos Evangelou , Barnaby Fiddes , Judith Field , Andre Franke , Colin Freeman , Irene Frohlich , Daniela Galimberti (19) , Christian Gieger , Pierre-Antoine Gourraud (20) , Christiane Graetz , Andrew Graham , Verena Grummel , Clara Guaschino , Athena Hadjixenofontos , Hakon Hakonarson , Christopher Halfpenny , Gillian Hall , Per Hall (21) , Anders Hamsten , James Harley , Timothy Harrower , Clive Hawkins , Garrett Hellenthal (22) , Charles Hillier , Jeremy Hobart , Muni Hoshi , Sarah Hunt , Maja Jagodic , Ilijas Jelčić , Angela Jochim , Brian Kendall , Allan Kermode , Trevor Kilpatrick , Keijo Koivisto , Ioanna Konidari , Thomas Korn , Helena Kronsbein , Cordelia Langford , Malin Larsson , Mark Lathrop (23) , Christine Lebrun-Frenay (24) , Jeannette Lechner-Scott , Michelle Lee (25) , Maurizio Leone , Virpi Leppä , Giuseppe Liberatore , Benedicte Lie , Christina Lill , Magdalena Lindén , Jenny Link , Felix Luessi , Jan Lycke , Fabio Macciardi (26) , Satu Männistö , Clara Manrique , Roland Martin , Vittorio Martinelli , Deborah Mason , Gordon Mazibrada , Cristin Mccabe , Inger-Lise Mero , Julia Mescheriakova , Loukas Moutsianas , Kjell-Morten Myhr , Guy Nagels , Richard Nicholas , Petra Nilsson , Fredrik Piehl , Matti Pirinen , Siân Price , Hong Quach , Mauri Reunanen , Wim Robberecht (2) , Neil Robertson , Mariaemma Rodegher , David Rog , Marco Salvetti , Nathalie Schnetz-Boutaud , Finn Sellebjerg , Rebecca Selter , Catherine Schaefer (27) , Sandip Shaunak , Ling Shen , Simon Shields , Volker Siffrin , Mark Slee , Per Soelberg Sorensen , Melissa Sorosina , Mireia Sospedra (28) , Anne Spurkland , Amy Strange , Emilie Sundqvist , Vincent Thijs (29) , John Thorpe , Anna Ticca , Pentti Tienari , Cornelia M. van Duijn , Elizabeth Visser , Steve Vucic , Helga Westerlind , James Wiley , Alastair Wilkins , James Wilson (30) , Juliane Winkelmann (31) , John Zajicek , Eva Zindler , Jonathan L. Haines , Margaret Pericak-Vance , Adrian Ivinson , Graeme Stewart , David A Hafler (32) , Stephen Hauser , Alastair Compston , Gil Mcvean (33) , Philip L de Jager , Stephen Sawcer (34) , Jacob Mccauley
1 School of Life Sciences
2 KU Leuven - Catholic University of Leuven = Katholieke Universiteit Leuven
3 Profium Oy [Helsinki]
4 ICM - Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute
5 Institute of Clinical Medicine [Oslo]
6 MTU - Michigan Technological University
7 The Wellcome Trust Centre for Human Genetics [Oxford]
8 The Wellcome Trust Sanger Institute [Cambridge]
9 Inserm U535 - Génétique épidémiologique et structures des populations humaines
10 UNIROUEN UFR Santé - UNIROUEN - UFR Santé
11 Service de neurologie [Bordeaux]
12 Karolinska Institutet [Stockholm]
13 INM - Institut des Neurosciences de Montpellier
14 P3S - Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière
15 UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 - UFR de Médecine Pierre et Marie Curie
16 CRICM - Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
17 Service de Neurologie [CHU Caen]
18 Department of Statistics [Oxford]
19 Centro Dino Ferrari [Milano]
20 LEASP - Epidémiologie et Analyses en Santé Publique : risques, maladies chroniques et handicap
21 MEB - Department of Medical Epidemiology and Biostatistics
22 UCL - University College of London [London]
23 Fondation Jean Dausset CEPH
24 CHU Nice - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
25 DIT - Dublin Institute of Technology
26 UC Irvine - University of California [Irvine]
27 Kaiser Permanente
28 UZH - Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich
29 University Hospitals Leuven [Leuven]
30 Department Biostatistics University of North Carolina
31 Institute of Bioinformatics and Systems Biology [München]
32 YSM - Yale School of Medicine [New Haven, Connecticut]
33 Big Data Institute
34 Department of Clinical Neurosciences [Cambridge]
Ashley Beecham
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Nikolaos Patsopoulos
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Dionysia Xifara
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Mary Davis
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Anu Kemppinen
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Chris Cotsapas
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Tejas Shah
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Chris Spencer
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Annette Oturai
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Bernhard Hemmer
Claes Martin
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Frauke Zipp
Sandra d'Alfonso
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Filippo Martinelli-Boneschi
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Bruce Taylor
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Ingrid Kockum
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Jan Hillert
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Tomas Olsson
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Maria Ban
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Jorge R Oksenberg
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Rogier Hintzen
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Lisa Barcellos
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Cristina Agliardi
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Lars Alfredsson
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Mehdi Alizadeh
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Robert Andrews
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Helle Bach Søndergaard
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Amie Baker
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Sergio E Baranzini
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Nadia Barizzone
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Luisa Bernardinelli
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Achim Berthele
Viola Biberacher
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Thomas Binder
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Hannah Blackburn
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Izaura Bomfim
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Paola Brambilla
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Simon Broadley
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Bruno Brochet
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Dorothea Buck
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Helmut Butzkueven
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Stacy J Caillier
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William Camu
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Paola Cavalla
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Elisabeth Celius
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Irène Coman
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Giancarlo Comi
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Lucia Corrado
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Leentje Cosemans
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Bruce Cree
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Daniele Cusi
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Silvia Delgado
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Alessia Di Sapio
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Peter Donnelly
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Martin Duddy
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Sarah Edkins
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Irina Elovaara
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Federica Esposito
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Nikos Evangelou
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Barnaby Fiddes
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Judith Field
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Andre Franke
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Colin Freeman
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Irene Frohlich
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Christian Gieger
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Christiane Graetz
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Andrew Graham
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Verena Grummel
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Clara Guaschino
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Athena Hadjixenofontos
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Hakon Hakonarson
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Christopher Halfpenny
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Gillian Hall
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Anders Hamsten
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James Harley
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Timothy Harrower
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Clive Hawkins
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Charles Hillier
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Jeremy Hobart
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Muni Hoshi
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Sarah Hunt
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Maja Jagodic
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Ilijas Jelčić
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Angela Jochim
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Brian Kendall
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Allan Kermode
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Trevor Kilpatrick
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Keijo Koivisto
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Ioanna Konidari
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Thomas Korn
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Helena Kronsbein
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Cordelia Langford
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Malin Larsson
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Jeannette Lechner-Scott
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Maurizio Leone
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Virpi Leppä
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Giuseppe Liberatore
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Benedicte Lie
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Christina Lill
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Magdalena Lindén
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Jenny Link
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Felix Luessi
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Satu Männistö
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Clara Manrique
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Roland Martin
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Vittorio Martinelli
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Cristin Mccabe
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Kjell-Morten Myhr
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Amy Strange
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John Thorpe
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Anna Ticca
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Pentti Tienari
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Cornelia M. van Duijn
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Elizabeth Visser
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Steve Vucic
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Helga Westerlind
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James Wiley
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Jonathan L. Haines
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Margaret Pericak-Vance
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Adrian Ivinson
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Graeme Stewart
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Stephen Hauser
Alastair Compston
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Gil Mcvean
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Philip L de Jager
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Jacob Mccauley
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Résumé

Using the ImmunoChip custom genotyping array, we analyzed 14,498 subjects with multiple sclerosis and 24,091 healthy controls for 161,311 autosomal variants and identified 135 potentially associated regions (P < 1.0 × 10(-4)). In a replication phase, we combined these data with previous genome-wide association study (GWAS) data from an independent 14,802 subjects with multiple sclerosis and 26,703 healthy controls. In these 80,094 individuals of European ancestry, we identified 48 new susceptibility variants (P < 5.0 × 10(-8)), 3 of which we found after conditioning on previously identified variants. Thus, there are now 110 established multiple sclerosis risk variants at 103 discrete loci outside of the major histocompatibility complex. With high-resolution Bayesian fine mapping, we identified five regions where one variant accounted for more than 50% of the posterior probability of association. This study enhances the catalog of multiple sclerosis risk variants and illustrates the value of fine mapping in the resolution of GWAS signals.

Dates et versions

hal-02565210 , version 1 (06-05-2020)

Identifiants

Citer

Ashley Beecham, Nikolaos Patsopoulos, Dionysia Xifara, Mary Davis, Anu Kemppinen, et al.. Analysis of immune-related loci identifies 48 new susceptibility variants for multiple sclerosis. Nature Genetics, 2013, 45 (11), pp.1353-1360. ⟨10.1038/ng.2770⟩. ⟨hal-02565210⟩
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